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1、Label-free蛋白质组定量检测有哪些好处?

不同于TMT法或iTRAQ法需要稳定同位素标记,非标记(label-free)蛋白质组质谱定量检测的优点就是样品上机前,不需要特殊标记操作,操作非常方便,也节省了标记试剂的费用。我们使用Maxquant软件进行分析,可以做到定量检测。Maxquant软件非标记定量分析是以MS1为基础,然后提取XIC进行定量。实验证明结合Maxquant软件分析的非标记技术具有较好的定量准确性和可靠性。

不可否认,Label-free法也有自身的弱点。Label free定量主要采用DDA采集的一级质谱的信号进行定量,而母离子挑选中受干扰很大,容易造成定量不准。所以我们建议客户做Label free定量法对同一样品至少做三次重复检测。

2、什么是TMT串联质谱标记法?与iTRAQ相比,有什么不同之处?

串联质谱标记(Tandem mass tag,TMT)氨基反应的稳定同位素标签。由于是同质标签(isobaric),多个不同形式的标签带,TMT标记现在最多可以做到10标,也就是说可以同时平行做10个样品的蛋白质谱定量检测。

 

        

        图 1: (a)iTRAQ和 (b)TMT试剂的结构示意图                                           图2:Thermo Scientific TMT试剂– TMT10

 

 

TMT和ITRAQ的本质原理都是等重同位素标签(isobaric mass tags),化学反应原理和用来定量的原理都是相同的。在液质联用分析检测过程中,同质报告标签在二级质谱检测中反映所标记的肽段的分度。TMT和ITRAQ所不同的是化学结构不同,分别有Thermo公司与ABSCIEX公司的商业产品。

       

                              图3: 同质同位素标记法工作流程

参考文献:

TMT法:

Jump up to:a b Thompson A, Schäfer J, Kuhn K, et al. (2003). "Tandem mass tags: a novel quantification strategy for comparative analysis of complex protein mixtures by MS/MS". Anal. Chem. 75 (8): 1895–904.

 

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